在工厂，一般说洁净区面积较大，多用中央空调净化系统完成对各洁净区的净化。其方法是将臭氧发生器直接安装在中央空调净化系统的送、回风主管道中或净化空调箱内中效过滤器后端，电源控制箱置于机房内。时关闭约90%的新风进口阀门和对外排放阀门，使HVAC系统与洁净区形成内循环状态。每日做空气灭菌只需开机1~1.5小时左右，代替化学试剂熏蒸蒸作大也只需2~2.5小时。用该方案灭菌的优点是：利用净化风作为臭氧的载体（每分钟约60m3的风量通过臭氧发生器即可），可以使臭氧迅速扩散到HVAC系统所控制的洁净室内，而且臭氧浓度分布均匀，在洁净区域内不增加任何设备，即可达到洁净室的灭菌目的；同时对HVAC系统起到杀灭杂菌和霉菌的效果。实践中发现，臭氧还能对高效过滤器起到溶菌疏导的作用，延长其使用寿命。
2、臭氧在制行业中央空调系统中应用的浓度标准臭氧对空气中的微生物的灭活浓度和物体表面沉降的微生物的灭活浓度，根据卫生部1991年12月颁布的《技术规范》第4.12臭氧应用章节中第8.2款空气中规定“对密闭的空气用5~10mg/m3浓度（相当于2.5~5ppm）的臭氧作用30分钟；对物体表面的沉降菌落需要20~30mg/m3，（相当于10~15ppm）”。制行业应用臭氧的目的是用来代替紫外线和化学熏蒸，对整个洁净区空气及机械设备、介质材料表面的沉降菌落进行大。需要的臭氧浓度为10~15ppm，相当于每立方空气中臭氧含量20~30mg。
3、 空调系统臭氧应用量的计算方法
设：V1为洁净区空间体积，V2为HVAC系统空间体积，V3为保持洁净区正压所补充的新风对臭氧造成的损失
则灭菌空间的总体积（V）计算为：V=V1+V2+V3
V3的确定：根据实践，归纳出较为可靠的经验公式如下：V3≈HVAC系统循环总风量m3/h*25%（常规新风更换率）×10-20%（保持洁净区正压补充的新风量）×39%（应用臭氧时臭氧半衰期的预算值），即V3=HVAC系统循环总风量×1~2%。
臭氧发生器的选择：先按臭氧灭菌的效率，即参照《技术规范》的标准确定臭氧灭菌的浓度（C）：对空气中浮游菌，臭氧灭菌浓度为2~4ppm；对物体表面的沉降菌落，浓度为10~15ppm（臭氧灭菌浓度参考《技术规范》）。臭氧的自然半衰期（S）,参比状态下为23min左右，一个小时的衰退率为61%。设计：应用臭氧灭菌60min时达到要求浓度后，继续保持一段时间（1~1.5小时），即可得到机械设备和建筑物体表面沉降菌落彻底杀灭的作用，达到化学熏蒸大的效果。
例：灭菌空间总体积（V）为1000m3，灭菌要求为替代化学熏蒸大，对设备和建筑物体表面沉降菌落进行灭菌。按照上述要求空气中臭氧浓度（C）应达到10ppm以上（在工作状态下，折算为19.63mg/m3），臭氧发生器工作一小时后臭氧自然衰退率（S）为61%，需选择机器的臭氧发生量g/h（W）：W=CV/（1-S）=19.63×1000/(1-61%)≈50.33(g/h)可选择每小时产量为50g的臭氧发生器。
