臭氧对细菌、霉菌、病菌等微生物具有极强的杀灭力。它杀灭病毒是通地直接破坏其RNA和NDA物质业完成的；而杀来细菌、老菌类微生物的过程则是臭氧首先作用于细薄腊，继而破坏腊内组织直至溶解死亡。臭氧在食用菌栽培中的杀菌应用如下：
1.菌菇灭菌房在50立方米-100平方米的室内，搭成多层菌菇架，做好植菇前准备工作。然后在室内较高处（离天花板20厘米-30厘米）安装1台壁挂式片式臭氧发生器，关好门、窗，开机1小时，即可达95%以上灭菌效果。
2.培养基处理，培养基按原配方要求配好，摊晾在室内搁层架上，一切准备好后，开机1小时，即可95%以上灭菌效果。臭氧是气体具有弥撒性，可以扩散到任意角落，对任何角落进行，没有死角。
3.培养将接好的菌种移入菌菇房内，开机灭菌30分钟，然后关机，每天观察食用菌生长情况。为确保菌种生长的良好环境，每次开机观察后，可开机15分钟，停机后密封，防止腐殖菌、杂菌滋生，促进食用菌健康生长。为方便操作，可将臭氧机的电源开关安装在菌菇房门外方便之处。入室操作后即闭门开机，定时关机。
